烂秆是辣（甜）椒上的高发问题，发病部位往往从抹杈和摘椒时留下的伤口处开始，蔓延至整个茎秆，严重的造成死棵。导致辣（甜）椒烂秆的病害主要是细菌性病害如溃疡病和细菌性髓部坏死病，其次是灰霉病和菌核病，有时候多种病害混合侵染，给防治带来了困难。

伤口是烂秆发生的一个重要诱发因素，菜农要避免在阴雨天和刚浇过水后棚内湿度大时进行整枝打杈、摘果等农事操作，以保证植株的伤口有足够的愈合时间。形成伤口以后，菜农可以在晴好天气下使用加瑞农+菌核净等药剂调成糊状或直接将药剂干粉涂抹在伤口上。同时，要注意降低棚内的湿度，尤其是浇水后要及时通风排湿。