畸形果在番茄上发生比较普遍，有的果实脐部凸起，有的果实开裂露籽，有的长成指突果，这样的果实失去商品性。虽然都为畸形果，但是诱发原因并不完全相同。

生产中，导致畸形果的原因主要有三个：一是植株生长前期因环境不适宜或肥水管理不当等影响了花芽分化，例如露籽果、菊形果都是花芽分化不良导致的畸形果；二是点花时间不对或点花药浓度过大导致的畸形果，例如脐部凸起的果实；三是膨果过程中，由于夜温高、供肥不足或根系生长不良导致养分失衡而产生畸形果，例如空心果。